Bonjour,
Il y a plusieurs points soulevés dans votre message Nico.
Le plus important tout d'abord: l'auto-entrepreneur est un régime fiscal ET social. Le centre des impôts n'a abordé avec vous que le premier volet, c'est à dire ce qui concerne le prélèvement libératoire. Si vous n'en bénéficiez pas (ce que au passage je découvre en vous lisant, et qui fait à mon avis office de jurisprudence car je n'ai trouvé aucun texte officiel à ce sujet...) dans ce cas vous devrez payer vos impôts comme tous les autres contribuables français, même ceux qui résident à l'étranger. Et à moins de vous domicilier à l'étranger, ces impôts seront payés en France, selon les taux et barèmes en vigueur.
Mais pour le volet social, il n'y a à mon avis aucun problème, cette situation étant d'ailleurs très courante (entreprise domiciliée en France, résidence à l'étranger; ou encore, salarié expatrié). Évidemment, s'il s'agit d'une activité exercée localement (un pâtissier par exemple) le pays d'accueil sera en droit de demander à son résident de se conformer aux lois locales. Mais s'il s'agit d'un travail dématérialisé et que la personne est domiciliée de droit en France (la résidence est conçue comme une situation de fait, non de droit) il n'y a aucune raison de ne pas bénéficier du régime social d'auto-entrepreneur.
Ce qui serait intéressant de savoir maintenant Nico, c'est ce que prévoit votre interlocuteur du Centre des Impôts pour votre situation fiscale. Car pour le moment, à part vous dire que vous n'aviez pas droit au régime fiscal de l'AE (point qui reste à confirmer officiellement quand même...), il ne vous a toujours pas expliqué comment vous payerez vos impôts.